Efter valget i 1996 kunne Klaus igen danne regering, om end med et svækket mandat. En voksende økonomisk krise og talrige økonomiske skandaler med selskabstømning og korruption tvang Klaus til at gå af i december 1997, da hans parti ODS splittedes.

Nationalbankdirektøren Josef Tošovský (f. 1950) ledede en overgangsregering indtil et ekstraordinært parlamentsvalg juni 1998, hvorpå socialdemokraten Miloš Zeman efter en valgsejr dannede en mindretalsregering med støtte fra Klaus' ODS, som man indgik en fast samarbejdsaftale med.

Historie efter 2000

Udenrigspolitisk opnåede Tjekkiet i 1997 status som kandidat til optagelse i EU, og under Zemans regering accelereredes tilpasningsprocessen til EU's normer, så landet efter en folkeafstemning kunne optages i EU sammen med de øvrige central- og østeuropæiske kandidatlande 1.5. 2004.

I 1999 var Tjekkiet sammen med Polen og Ungarn blevet optaget i NATO. Miloš Zemans regering fik bl.a. foretaget en påkrævet privatisering af banksektoren, og fra 1999 begyndte økonomien at bedres. Fra 2002 er vækstraten i BNP steget støt til nu omkring 6% (2006), og Tjekkiet nærmer sig også økonomisk niveauet i de gamle EU-lande.

Parlamentsvalget i 2002 resulterede i en kneben socialdemokratisk valgsejr, så partiet under Vladimír Špidla kunne danne en flertalsregering i koalition med to mindre borgerlige partier. I 2003 valgte parlamentet i en langstrakt proces Václav Klaus til efterfølger for Václav Havel som Tjekkiets præsident, skønt Klaus med sin udprægede EU-skepsis hyppigt er på kant med såvel regeringen som sit eget gamle parti ODS

Intern uro i Socialdemokratiet medførte, at Špidla måtte gå af som regeringschef i juli 2004 og hans efterfølger Stanislav Gross (f. 1969) i april 2005 efter en korruptionsskandale. Han blev afløst af den energiske Jiří Paroubek, der dog ikke kunne forhindre, at ODS blev største parti ved valget i juni 2006.

Valget efterlod Tjekkiet i en ustabil politisk situation, da venstrefløjen og højrefløjen fik hver 100 mandater.

Efter 2013 vælges præsidenten ved direkte valg. Første direkte valgt præsident blev Miloš Zeman.